Las 'raras' carpetas de la partición raiz

Como te decía en otro momento, “en Linux todo -y cuando digo todo es TODO”- son archivos dentro de carpetas.
Voy a explicarte un poco lo que contienen las carpetas de la partición raiz de Debian, que ya sabes que de ahí depende todo. Hombre, solo pretendo explicarlo a grandes rasgos, para 'hacernos una idea' (entre otras cosas porque tampoco me he preocupado en analizarlo a fondo, son 'las tripas' de la distro, y punto).

Así que el estudioso que quiera profundizar, ya sabe... a San Google... o a cursillos avanzados de Linux. Pero como no es malo tener una cierta 'culturilla' y, aunque sea por encima, saber para qué sirven... aquí las tienes:

(por cierto, mucho más tarde, como me pareció muy interesante la entrada de este 'clásico', el Blog de Hatteras http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2008/01/arbol-de-directorios.html  lo aproveché para enriquecer esta entrada). 
Otra puede ser este: http://trastetes.blogspot.com.es/2017/05/9-estructura-de-directorios-en-ubuntu.html
Y un tercero, muy interesante, que descubrí bastante más tarde, este:
https://www.linuxadictos.com/explicacion-sencilla-del-arbol-de-directorios-de-gnu-linux.html
 

Carpetas de la partición root ( / )
/bin → Aquí se guardan los archivos binarios (o sea, los ejecutables) esenciales del sistema (muchos comandos, etc) que preinstala el sistema, y que los puede emplear cualquier usuario)
/boot → Aquí están los ficheros necesarios para arrancar el sistema, como el Grub, y la configuración (etc) del propio kernel
/dev → (de devices... dispositivos) Y aquí, los archivos que identifican y hacen funcionar los dispositivos del PC (discos, particiones, usbs, etc, etc)
/etc → Aquí están los archivos de configuración específicos del equipo, de algunas aplicaciones, scripts, etc.  
Posiblemente oirás hablar, incluso editarás alguna vez, por ejemplo, del archivo /etc/apt/sources.list (donde están los repositorios activos desde donde actualizas o descargas cosas), o del /etc/fstab (donde indicas las particiones y elementos que se van a montar, para poder usarlos), y quizás de alguno que otro más.
 /home → Es donde se encuentran los directorios de los usuarios (y dentro de ellos, sus archivos personales, la configuración de sus aplicaciones, etc).
Esta /home se suele 'redirigir' a una partición independiente, lo que es bastante cómodo para no arriesgarte a perder estos archivos del usuario, o configuraciones (como marcadores favoritos, extensiones, otras personalizaciones...) si decides formatear, o reinstalar, la partición 'raiz', . 
/lib → Aquí se guardan los módulos del núcleo (kernel), en la subcarpeta /lib/modules, los controladores (drivers) y las bibliotecas (librerías) necesarias para ejecutar todos los binarios que se encuentran en /bin y en /sbin. Las bibliotecas específicas de la arquitectura de 634 bits están en una carpeta específica, la /lib64.
/media → En este directorio se pueden crear carpetas para establecer los 'puntos de montaje' de medios extraíbles, de otras particiones complementarias, etc.
Por ejemplo, puedes crear la carpeta 'Almacén' y montar ahí una partición complementaria que crees para almacenar en ella viejos archivos personales, respaldo de cosas, etc.
/mnt → Se suele emplear para establecer un punto de montaje temporal para un sistema de ficheros. Tiende a ser sustituido por /media.
/proc → Es un Directorio virtual que contiene información del sistema (kernel de la serie 2.4 y 2.6)
/root → Es el Directorio del usuario administrador del equipo. Es, por decirlo así, el /home del Administrador. Naturalmente, solo se puede entrar en él a través de la contraseña de root
/sbin → Contiene los binarios del sistema, es decir, los ejecutables que solo puede usar el administrador, o root, como mount, umount, shutdown, etc, que son comandos que se instalan por defecto y solo pueden ser ejecutados como root.
/sys → Es otro Directorio virtual que contiene la información del sistema (kernel de la serie 2.6)
/tmp → Sirve para almacenar ficheros temporales
/usr → Es el Directorio 'padre' de otros directorios importantes, de Jerarquía secundaria (del usuario).
Por ejemplo, en /usr/bin se encuentran los ejecutables de la mayoría de las Aplicaciones instaladas, en /usr/share los archivos (de usuario) que comparten todos los usuarios, como iconos, fuentes, configuraciones, etc (por ejemplo, los 'lanzadores' de las aplicaciones en /usr/share/applications, la documentación en/usr/share/doc, en /usr/share/icons están todos los juegos de iconos preinstalados, en /usr/share/fonts las fuentes (tipos de letra) que comparten todos los usuarios, etc.
Y también están /usr/sbin (otros binarios de sistema, que decidió instalar el usuario), las bibliotecas (/usr/lib), el código-fuente del kernel (/usr/src), etc... y un directorio el /usr/local que contiene algo parecido al /usr, pero a otro nivel inferior, más restringido.
/var → Aquí se guardan Datos variables (por ejemplo, los Logs (informes, o histórico) de funcionamiento de las aplicaciones, etc.
Son interesantes, entre otros, el informe de /var/log/dmesg (te dice lo que se va cargando al arrancar (hasta que entra el entorno gráfico), indicando en qué segundo (y millonésima parte de segundo) se produce). O el /var/log/messages, que lo amplía un poco mas. O el /var/log/aptitude, que te da el historial de las instalaciones o actualizaciones que haces mediante el comando 'aptitude'. O el /var/log/apt/history.log, que te informa del historial de instalaciones a través de apt-get (o Synaptic, o Centro de Software). Etcétera. Atrévete a echarles un vistazo... pero no te desanimes si no entiendes nada.  
/srv → para Datos de los servicios ofrecidos por el sistema
/opt → Aquí se guardan los Paquetes de programas y aplicaciones opcionales que no se instalaron por defecto, sino manualmente (o sea, los paquetes *.deb usados)... si no has marcado que se borren tras instalarse, o por ejemplo que se borren tras un tiempo de permanencia

Y una cuestión importante: estas carpetas son, como te decía, 'las tripas' del sistema, así que NO TOQUES NADA SIN TENER CLARO LO QUE HACES. En realidad, para poder cambiar algo de la partición raiz, tendrás que meter la contraseña de Root para tener los privilegios de Administrador, o SuperUsuario: Pero, en todo caso, OJO con lo que haces.

En particular, no se te ocurra mover, borrar, o cambiar de nombre... a las carpetas /bin, /dev, /etc, /lib y /sbin... que si no están donde y como deben estar... el sistema no podrá arrancar.